CSSに移行したばかりだったり、先行して覚えちゃうとHTML4.0/4.01でdeprecated（推奨しない）とされた要素や属性に気付かずに使っているという最悪のケースに陥ってしまう事も無きにしも有らずです。
せっかくCSSにしたのに、font とか align なんかを使ってるとちょっと恥ずかしいので、基本をしっかりという事で、覚えておきましょう。（むしろ自分自身の復習）
一覧は追記にて。
その前にチョットだけ、何で非推奨なんよ？って部分について。
HTMLってのは本来、文書の論理的な構造をコンピュータに知らせる為の言語です。
でも、テーブルレイアウトの普及や色々で実際問題は見栄えまで全てHTMLで定義するようになってしまいました。
ビルダーなどのソフトもソレに一躍かってしまった原因にも思えます。
そこで、HTML4.0/4.01はこのメチャメチャな状態を整え、見栄えと構造に関する事を分離させ、構造の表現のみにしようという姿勢のもとW3Cが頑張ってる訳です。
構造をHTMLで定義して、見栄えは定義しちゃダメってなると、じゃーどうするか？ってトコでスタイルシートの利用が推奨されています。
ただ、まだまだスタイルシートにちゃんと対応していないブラウザが多く残っており、表示がバラバラだったり、今までずっとテーブルレイアウトやらなんやらで見栄えを表現してきた現状が有る訳なんで、移行期間が設けられています。
HTML4.0/4.01でdeprecated（推奨しない）となった要素・属性は、こんな今までの背景からなっています。
現状、Transitionalで組んでいる場合は、推奨しない（望ましくない）のであって禁止ではないので、使ったからどーのこーのって事は無いんですが、今後廃止されてしまう可能性が有るから、使えなくなってから泣きながら変更ってならないように今のうちに移行しておいた方が良い感じです。
もちろん、StrictなDTDは厳格で正確な仕様なんで使ったらダメです。
と、まぁこんな理由からWeb標準って流れに動いている訳なんで、CSSを覚える上でもっとも重要なHTMLをしっかり覚えましょうって事です。